La Villa dei Misteri fut découverte en 1909 par un groupe de personnes qui effectuaient les fouilles sur ordre, entre autre, du suisse Aurelio Item.
Depuis le 22 mars 2015, la Villa dei Misteri a été réouverte au public.
Les peintures de cette domus étaient en train de s'abîmer à cause des moisissures et des bactéries qui détruisaient la pellicule qui recouvrait les couleurs.
Les peintures étaient recouvetes d'essence et de cire pour les protéger. Quand les peintures furent nettoyées, elles souffraient d'un streptocoque, une bactérie qui se nourrissait des substances organiques contituées par la couleur.
Les peintures de cette villa sont souvent définies par le mot grec "mégalographie" , ce qui signifie une peinture avec de grandes figures.
La paroi est divisée en panneaux qui raconte différentes scènes : apparemment il s'agit d'un rituel sacré, d'une scène d'initiation. L'initié avait le privilège de connaitre la signification de certains rituels mais il ne pouvait pas en parler.
Une des scènes très célèbre est celle de la jeune fille qui danse, une figure qui regarde dans le fond d'une coupe, une manière de deviner le futur.